cocos2d 안드로이드 버전이 2가지 있습니다. 
http://code.google.com/p/cocos2d-android-1/

http://code.google.com/p/cocos2d-android/

2가지 인데요 .
머든 쓰기 편한대로 하면 좋겟지만.
위에걸로 사용하세요 . 아래꺼는 아직 구현 안된것이 좀있네요.
그리고.
물리엔진에서도 차이가 나는데요.
위에것은   bedlogicgames의 libgdx.so기반 이고
아래것은   JBox2d 기반입니다.   

가능한 위에 것을 추천합니다.